Отделение реабилитации является параклиническим структурным подразделением ННЦТО им. академика Батпенова Н.Д. и оказывает реабилитационные мероприятия: кинезиотерапию, физиотерапию и массаж после травм и при заболеваниях опорно-двигатеольного аппарата, а также медицинскую реабилитацию первого и второго этапов в клинических отделениях центра.

Кинезиотерапевтичнеский кабинет отделения реабилитации оснащен механотерапевтическими аппаратами Artromot для разработки в послеоперационном периоде суставов верхних и нижних конечностей, гимнастическими снарядами для проведения кинезиотерапии. Отделение является клинической базой подготовки врачей-резидентов и сертификационных циклов по специальности "физическая медицина и реабилитация взрослая, детская".

Специализируется на восстановлении двигательных функций опорно-двигательного аппарата с использованием технологий и методик: кинезиотерапии, механотерапии, кинезиотейпирование, физиотерапия, гидрокинезотерапия, массаж.

Имеется оснащенный гимнастическими снарядами зал для проведения лечебной физкультуры и физиотерапевтический кабинет оснащенный современным оборудованием, позволяющий осуществлять:

- электротерапию

- ультразвуковую терапию

- светолечение

- криотерапию

- лазерную терапию

- ударно-волновую терапию

- озокеритотерапию заболеваний и повреждений опорно-двигательного аппарата

Кабинет гидрокинезиотерапии оснащен аппаратами для подводного душ-массажа, ванной для проведения гимнастики в воде. 

В массажном кабинете осуществляется ручной, вакуумный, лимфодренажный массаж на аппарате Ballanser Pro.

Центр Реабилитации ННЦТО проводят восстановительное лечение опорно-двигательного аппарата связана с высокой частотой встречаемости заболеваний данной группы. К ним относятся:
- переломы, вывихи и другие травмы спортсменов;
- межпозвонковая грыжа;
- протрузия дисков;
- артроз суставов;
- реактивный артрит;
- остеомиелит и прочие воспалительные заболевания;
- смещение позвонков;
- врожденные деформации и другие заболевания.

Специализация: Восстановление двигательных функций конечностей

Технологии и методики: Использование механотерапевтической аппаратуры, физиотерапия, гидрокинезитерапия

Коек: